Natura 2000-område
Alsteråns sträckningen Ålem – Pataholm är ett Natura 2000-område. Tack vare de höga naturvärden som finns inom området har Länsstyrelsen i Kalmar län sammanställt en bevarandeplan. Vilket krävs för Natura 2000-områden.
Ur "Värderingar av 35 sjöar och vattendrag i Mönsterås kommun" av P-E Betzholtz, (utgivet 1991 på beställning av Mönsterås miljökontor) har hämtats följande:
Beskrivning
Alsteråns källflöden ligger inom Uppvidinge kommun och den fortsatta sträckningen berör Högsby, Nybro och Mönsterås kommuner. Den totala längden uppgår till 115 km, varav knappt 20 km inom Mönsterås kommun. Ån mynnar i havet cirka 4 km so om Ålem.
Alsterån har en medelvattenföring på 5,8 – 10,8m3/s.
(Maxnoteringen ligger på 92 km3/s år 1951 enligt SMHI).
Berggrund
I Ålemstrakten finns ett stråk av smålandsporfyr. Jordarterna domineras morän, medan det i mynningsområdet upp till Strömsrum finns en del svämsediment av typen lera-finmo. Även kärrområden förekommer i mynningsområdet.
Omgivning
Åns omgivningar skiljer sig i Mönsterås kommun en del från ån som helhet. Andelen skogsmark är inte lika dominerande, och flerstädes är dessutom lövskog rikligast förekommande. Jordbruksmark finns också i större utsträckning, bl. a. kan hela området från mynningen till Ålem karaktäriseras som rationellt driven jordbruksmark med åkrar och betesmark. Ån passerar i Mönsterås kommun genom tre tätorter; Sandbäckshult, Blomstermåla och Ålem.
I Ålem och mynningsregionen dominerar en bredare, ofta 15 – 20 meter, mer lugnflytande åfåra som endast avlöses av kortare strömmande partier. Omgivningarna här domineras av blandlövskog med stort inslag av äldre ekar och jordbruksmark. Oftast finns en högvuxen bård av flera arter lövträd närmast ån. Stora arealer betas.
Naturvärden
Vid Strömsrum är det främst de välbevarade hagmarkerna och den stora lövträdsförekomsten som domineras av ek, som gett det höga naturvärdet. Vidare är Alsterån nedströms Ålem klassat som av riksintresse för fisk och fiske främst beroende på fiskstam, den s.k. Emåhavsöringen.
Vattenfisen
Undersökningar av bottenfaunan visar på en bra bottenmiljö. Vid Strömsrum förekom ett par försurningskänsliga dagsländor; Centroptilum luteolum och Ephemera vulgata. Här påträffas den sällsynta vattenfisen, Aphelocheirus aestivalis, som bara förekommer i vissa sydsvenska floder. 
Att det finns bärfisar bland hallonen vet nog de flesta, men att det finns en släkting som heter Vattenfis kanske inte är lika känt. Detta kryp lever ett anonymt liv, väl anpassad till det starkt strömmande vattnet. På sina höga ben jagar vattenfisen snabbt fram bland stenarna och letar efter passande byten. På undersidan av den tillplattade kroppen sitter sugsnabeln, som vattenfisen använder för att suga ut "innehållet" i andra djur. Särskilt förtjust lär vattenfisen vara i de små ärtmusslorna.)
Safsa
Botaniskt är Alsterån känt för en av Sveriges rikaste förekomster av safsa (se bild nedan! Ur Den nordiska floran av Mossberg, Stenberg och Ericsson. Utgiven 1992 på förlaget Wahlström & Widstrand.)
Vidare finns stora bestånd av hampflockel i lugnare avsnitt av ån. Nedströms Ålem förekommer raspbjörnbär på båda sidor ån, vid E22:an växer gråal på norra stranden (sällsynt i regionen) och vid utloppet växer vildris, vilket bara är känt från två lokaler i Småland.
Bland fiskarna, totalt drygt 15 arter, tilldrar sig havsöringen det största intresset. Den kan idag vandra upp till Blomstermåla. Området mellan Torsrums kraftverk och mynningen utgör ett viktigt lek- och uppväxtområde för öringarna. De är av samma ras som i Emån, den mer storvuxna s.k. Emåhavsöringen. Dessutom finns stationär öring längs hela sträckningen genom kommunen.
Andra intressanta arter är i de nedre delarna flod- och bäcknejonöga samt de vandrande arterna sik och ål. Även vitfisk, bl.a. id, går i stora mängder upp i ån. Tidigare har fisket av id och vimma varit av betydelse för lokalbefolkningen.
Tidigare har kungsfiskare häckat i Strömsrumsområdet. Strömstare har veterligen ännu inte häckat, men vintertid finns flera forssträckor där ett flertal individer kan påträffas, bl.a. vid Ristomta och Torsrum. Fiskgjuse förekommer på ett par lokaler utefter ån, och i mynningsområdet samt vid kärrmarkerna norr om ån mellan Ålem och Strömsrum finns förmodligen länets rikaste förekomst av rosenfink, liksom ett flertal sångararter inkluderat gräshopps-, kärr- och gulsångare.
Vidare har i Torsrums kvarnränna, näckmossa, de sällsynta skalbaggarna Hydraena testacea och Normandia niteus påträffats. Längs ån förekommer hasselsnok här och var.
